保険診療を受けた被保険者・被扶養者ともに自己負担額が、一定額（自己負担限度額）以上になると、その超えた部分が「高額療養費」として支給されます。この制度は患者の自己負担軽減を目的につくられています。自己負担限度額は70歳未満、70歳以上で異なります。

外来の場合は、まず個人単位での自己負担限度額が適用された後、世帯単位で合算します。入院を含む場合は、単身者でも世帯単位の自己負担限度額が適用されます。
高額療養費の見直しが行われ、今後下記のように変更されます。

括弧内の金額は、多数該当（過去1年間に高額療養費の支給を3回以上受けており、4回目以降の支給に該当）の場合。
低所得者Ⅱ…住民税非課税世帯に属する人
低所得者Ⅰ…被保険者と全被扶養者の年金収入が80万円以下の場合
青字に該当する人で支払いが高額になる場合は、「限度額適用認定証」を提出すれば、自己負担限度額までの支払いとなります。提出のない場合は、いったん窓口で標準報酬83万円以上の人の自己負担限度額まで支払い、後で高額医療費の還付を受けることになります。

7月31日時点で一般区分または低所得区分に該当する方で、前年の8月1日～今年の7月31日までの間の外来療養にかかる自己負担額の合計額が年間上限（14万4千円）を超える場合は、超過分が給付されます。 期間中、継続して当健康保険組合に加入していた方については、超過分を自動的に計算して給付しますので、特に手続きの必要はありません。
期間の途中で当健保に加入または脱退した方については、他の健保・国保等に加入していた期間に発生した外来療養費も含めて、年間上限を超過した分をそれぞれの保険者が按分して給付しますので申請が必要となります。該当する方はお問合わせください。

高額療養費の自己負担限度額に達しなくても、同一月に同一世帯でそれぞれ21,000円以上になった場合、これらを合わせて自己負担限度額を超えたときに合算高額療養費が支給されます。
また、同一人が同一月に2つ以上の医療機関にかかり、それぞれ21,000円以上になったときも同様です。

同一世帯で1年間（直近12ヵ月）に高額療養費の支給が3ヵ月以上になったとき、4ヵ月目からは以下のように自己負担限度額が変わります。

事前に「健康保険限度額適用認定申請書」を事業所を経由して健康保険組合へ提出して、「健康保険限度額適用認定証」の交付を受けてください。オンライン資格確認システムが導入された医療機関では、資格確認書類を提示することで、適用所得区分が確認できるため、「限度額適用認定証」の提示は不要です。

高額療養費の算定対象世帯で介護保険の利用者がいる場合、健康保険の自己負担額と介護保険の自己負担額の年間合計額が負担限度額を超えた場合、被保険者からの申請により、健康保険・介護保険の制度別に按分計算しそれぞれの保険者から支給されます。これは、医療と介護の自己負担額が著しく高額になる場合の軽減を目的としています。
高額医療と高額介護の合算療養費は、健康保険・介護保険の両方で感受合・利用者の負担額に応じて負担し支払われます。
高額介護合算療養費の見直しが行われ、今後下記のように変更されます。

人工透析を必要とする腎透析患者の自己負担限度額はレセプト1件10,000円となります。標準報酬月額53万円以上の上位所得者（70歳未満に限る）は20,000円です。また、血友病患者のうち第Ⅷ・第Ⅸ因子障害についてのみ、自己負担限度額はレセプト1件10,000円となります。ただし、その他の因子障害も含め公費負担があり、事実上自己負担（窓口負担）はありません。

血液製剤に起因するHIV感染者の自己負担限度額はレセプト1件10,000円となりますが、公費負担があり事実上自己負担はありません。